电影首先开场就是维兰德公司的搜寻船，直奔诺斯特罗莫号爆炸以后太空垃圾堆。直接准确的定位了第一部异形在太空里形成的陨石。放出来小型收纳仓，飞过开门回收了陨石（这里并没有某些人幻想的力场防护，更像是扫描装置），就像预告里面展现的。回收陨石以后，立即带到了太空站，用激光切割外壳，带走了异形。留下印着异形花纹的外壳。

之后到了女主的梦境，梦里她在一样阳光明媚，片地花草的星球上，如同天堂一般。醒来的女主，看着窗户下着暴雨和梦境形成了反差。她带着生化人弟弟安迪（女主的父亲在她12的时候，把从垃圾堆捡到的生化人重新编程，送给女主保护她，这块可能是致敬终结者）来到了殖民地外面，殖民地距离地球65光年，外面环境非常恶劣。维兰德公司不停的广播，如果发生意外或者生病请及时就医。而另一边有人不停的用喇叭喊，维兰德公司在欺骗和剥削你们。女主带着弟弟来到了维兰德公司的业务窗口，她表示自己工时已经全部完成，想请去一个环境很好，可以看到阳光的殖民地（但是在维兰德公司监管范围之外）。业务员询问她的父母呢，女主回答说它们三个星期前过世了，业务员表示根据属于她还欠公司4年多的工时，完成之前哪里都不能去。现在要把她掉到挖矿部门，女主的父母之前就是因为挖矿导致的癌症而死。另一边生化人安迪遭到三个小孩的攻击，倒在地上肉体抽搐，女主赶过去给它重启系统（安迪已经是过时的报废型号，身体可能存在各种故障）。女主之后接到了好友的电话，来到了四名小伙伴那边。四名小伙伴和她说，殖民地环境恶劣，经常下冰雹，还有传染病。靠给公司打工，不知道猴牛马羊才能离开，自己父母都是死在了这里。现在它们打算靠一搜小型运输飞船，自己考过去，但是女主表示飞到目标殖民地吸引九年的时间，运输飞船没有冷冻休眠舱，根本过不去。四人里面一个男孩，比约恩说到，他在他们呆的这颗星球附近检测到了一个废弃的飞船，想到了一个计划，里面一定有冷冻休眠舱，用运输飞船进去，拿到休眠舱就能自己去目的地了。但是有一个条件，就是需要安迪带他们进去。因为安迪是维兰德公司的生化人，可以激活飞船，开门进入。它们通过一番话说服了女主，六个人前往太空。在飞船启动的时候，提到女主和安迪都没去过太空，女主可能是在殖民地出生的人，以前从未离开过，它们飞到了太空，女主第一次看到了太阳。
它们进入太空以后才发现，并不是废弃飞船，而是一个太空站，因为未知原因被星球引力捕捉，朝着星球周围的星环撞击了过去，只剩下30多个小时。它们赶紧用运输飞船对接太空站，三个女孩留下，两个男孩和安迪成功进入了太空站。太空站的能源几乎关闭，重力系统也离线了。不过女孩之一亚洲女纳瓦罗（会说中文）提到，重力系统即使离线，也会定时自动启动。所以三人漂浮状态，随时回因为启动重力，摔个屁股蹲。另一个男孩泰勒赶紧让安迪启动了重力系统。它们通过一个温度探测器，寻找低温冷冻休眠舱，找到了断成上下两节的生化人和地板上面大窟窿（预告里面那样），比约恩差点掉了下去，被安迪一把抓住，比约恩却并不感恩。反正各种恶语相向，他在这里找到了一根电棍。泰勒找到了休眠舱，但是发现里面的冷冻剂不够了，只能维持3年多。决定先把冷冻仓转移到运输飞船，在去太空站里面寻找冷冻剂。路上维兰德公司广播介绍这个太空站由两个模块组成，罗穆卢斯和雷穆斯，比约恩和安迪又发生各种嘴角矛盾，女主对此非常厌恶。纳瓦罗解释说，比约恩的父母被生化人害死了，女主惊讶到，生化人因为程序不会伤害人类呀。纳瓦罗说当时发生意外，有毒气体泄露，生化人下令关门，吸收3个人救了个人。另一名女孩凯发生呕吐，女主过去关心她。凯表示自己没事，只是怀孕了，但是希望女主不要告诉他哥哥泰勒。另一边比约恩告知安迪，它们的目的地不在维兰德公司的监管范围，安迪这种维兰德公司的生化人在哪里是违法的，会被销毁，如果留在这里，也会被维兰德公司报废处理，安迪则表示，自己能够一路上保证女主安全就足够了，这是他最高指令。

他们三人来到了一个实验室，进入拿冷冻剂的时候，触发了警报，变成了预告里面红光，门禁锁死，安迪到权限不够打开门。本来冷冻抱脸虫像预告里面一样苏醒，撑破容器的保护膜。女主和纳瓦罗闻讯，赶紧进入太空站去帮助它们。纳瓦罗捡到了一个x广手电筒，女主来到了断成两节的生化人哪里（第一部生化人艾许回归，同型号生化人）。上半身艾许和预告一样突然活过来，像女主求救，女主挖出了它体内的升级模块。来到了实验室，交给了泰勒，让他把模块装进了安迪体内。安迪开始升级，就是预告里面翻白眼的状态。苏醒的抱脸虫开始攻击比约恩，被比约恩挣扎开来（这是电影里第一次普通人独自开拓了抱脸虫）。睁开的抱脸虫攻击了泰勒，泰勒像比约恩求救，女主用东西撞击实验室的玻璃门。比约恩用电棍电击抱脸虫，成功让它脱落，但是泰勒也被电击麻痹倒下。就在抱脸虫准备攻击倒下的泰勒时，安迪升级完毕，一把抓住抱脸虫扔掉。开门带着泰勒和比约恩离开。然后就是预告里面，大量抱脸虫撞破实验室玻璃，它们逃跑，但是纳瓦罗被一只抱脸虫保住。
升级以后安迪，不光系统，身体能力也被提升了。他和女主解释，推测抱脸虫的气囊在给纳瓦罗输送样子，但是自己的资料并不知道如何去除这种生物。不过他知道有一个人知道。他们来到艾许的房间，把他上半身激活，艾许解释到。诺斯特罗莫号当初遭遇了这种生物，七个人只有一个幸存。它们回收这种生物研究，用生物3d打印技术，打印了这种抱脸虫，它们会在宿主体内注入一种诱变剂（这个应该是小说异形冷锻炉引入的设定），诱变剂就像一个种子一样，融合宿主基因诞生这种生物。那个被回收的生物，苏醒以后屠杀了实验人员，后来被武装人员击毙，就挂在天花板的大坑上，被电线缠绕，身上还插在第一部被雷普利用鱼钩枪射击太空里的鱼钩。它流出的酸血（还提到酸血的可能成份有硫酸，氢氟酸）就是造成地下大坑的原因。艾许表示现在救她也一样晚了，有60%可能性已经被寄生。女主想出来用冷冻机冰冻抱脸虫的尾巴，让它尾巴松开脱落。这个计划成功剥离了抱脸虫。艾许对安迪表示，人类过于优柔寡断了，很多时候需要生化人替它们做决定。安迪打算出手，比约恩用电棍攻击安迪，带着纳瓦罗回到了运输船。女主感觉重启了安迪，安迪追击他俩，最终没能阻止。比约恩启动运输船，纳瓦罗感觉到身体不太舒服，预告里面那样用X光手电筒照射后背，看到了破胸者撞击肋骨。倒在凯的怀里，不小心提到操纵杆，导致运输船偏离方向，撞向太空站。纳瓦罗被破胸，运输船装进了罗穆卢斯停机坪。凯和比约恩因为撞击陷入了昏迷。安迪这边收到艾许的呼唤，过去以后，艾许说明因为升级，你的最高指令已经被新的任务覆盖，新的任务是回收试剂。安迪带着女主和泰勒前往罗穆卢斯实验室，表示要先回收试剂才能离开。它们来到了充满抱脸虫的房间门前，安迪解释说抱脸虫没有眼睛，是靠声音和温度寻找目标。然后计划把房间温度调节成人类体温，小声穿过。但是前往不要激动紧张，防止体温升高。另一边凯苏醒过来，发现地上破凶者的蜕皮，墙上挂着预告里面的肉茧在蠕动，凯非常惊慌，比约恩出现。用电棍链接飞船电源，插进茧里面疯狂电击，异形痛苦的哀嚎，最后电影都超载停了。之后就是预告那样，肉茧里面流出来酸血腐蚀了管道，比约恩被肉茧的伸出来尾巴刺瞎了一只眼倒下，酸血滴到他身上，把它手指腐蚀，胸口溶穿死亡。
然后异形从茧里面慢慢蜕变出来，伸展爪子。凯逃飞船的门，但是打不开，联系到了泰勒这边，泰勒得知到了妹妹的情况，紧张的出汗，体温升高，抱脸虫被惊动，不过他还是指挥妹妹打开了门。妹妹开门以后，赶紧逃了出去，躲到了楼梯下面，异形跑过了跳到了楼梯上（就像预告里面那样），等了一会儿带着比约恩的尸体走了。另一边女主和泰勒疯狂逃跑，安迪关闭大门，泰勒差一点就没进入大门。女主质问安迪差点就把泰勒关了，安迪解释说自己是精确控制了关门。之后它们找到了凯那边，凯开门失败惊动异形，异形出现在后面观察，等待开门。安迪看出来异形在狩猎，认为风险太大，拒绝开门。女主和泰勒拼命恳请，还告知凯怀孕的消息，但是并不能打动安迪。最终凯被异形带走，女主愤怒的打了安迪一巴掌，想要拿出升级模块，但是被拒绝了。
它们来到了罗穆卢斯实验室，进入以后，看到了各种实验设备，以及预告里面泡在容器里面的抱脸虫。艾许连线系统以后解释说，殖民地正在变得衰弱，人类可能天生不适合太空，所以它想要通过研究异形，让人类变得完美。通过逆向工程，从异形基因里面提取出来非流顿液体，一种最致命的病原体，普罗米修斯之火（这个称呼应该是来自漫画异形血统）。实验录像里面，它们弄残了一只老鼠，注射了提取黑水变种菌株，黑水迅速的重组基因，让老鼠再生恢复。艾许说安迪最高任务是把这种黑水试剂带回殖民地进行后续实验，这里消息以后发给了维兰德公司，六个月后公司会派人过来。你们俩可以坐飞船去其他地方。然后它们注意到那个伤疤头异形（比约恩电击留下的伤疤），还在追杀它们。打开实验室武器库，里面有两把脉冲枪，这里提到这种脉冲枪也是陆战队标配武器，并不是传言里面的原型枪。然后泰勒教女主使用，提到一发弹夹高达450发子弹，带有辅助瞄准系统（就像是m41a和m56a智能枪，机枪哨兵结合体）。安迪泼了一把冷水，解释到枪只是给你们吓唬异形用的，实验室在飞船最下面，射击异形的酸血会破坏飞船外壳，造成瞬间失压。然后它们走出实验室，这时候画面一转，看到容器里面死亡变异的老鼠，就像契约里面工程师 身体里面长出来黑色衍生物，录像里面老鼠也是好好的，突然身体破开了。它们前往停机坪，发现了异形巢穴。泰勒和女主决定去找凯，进入巢穴以后发现很多被困在巢穴上面的破胸尸体，就像a2 。它们找到了凯，把她从巢穴里面挖了出来。安迪过来了，说附近不像其他尸体有抱脸虫残骸，她应该没被寄生，但是受伤了，可以给它注射一剂黑水，但是遭到了女主拒绝，她觉得这玩意儿存在风险。这时候异形已经被惊动了，它们决定赶紧离开，来到电梯口的时候，隐藏的异形用尾巴刺穿了泰勒（预告里面也有这幕）。打飞了安迪，安迪受创又到底抽搐。伤疤头把泰勒勾上去以后，巢穴里面三只异形爬了过来（预告里面三只异形同框场面），泰勒打算启动脉冲枪，被异形围攻，伤疤头用内巢牙把他爆头（这整个场景似乎是致敬avp1里面绿格子击杀了猫脸铁血）。女主只能趁机带着凯浸入电梯，逃到了飞船里面，把黑水试剂留给了凯。带着脉冲枪独自去救安迪。下了电梯以后，出现预告里面女主带着脉冲枪致敬a2雷普利。她来到了电梯门口想要帮安迪拿掉升级模块重启，安迪拒绝。女主表示说如果你留在这里，一个任务都无法完成，但是拿掉模块，你起码可以完成保护我的任务，安迪被说服，拿掉模块重启。然后一大批异形杀了过来，可能有十几只。女主想到了一个办法，可以离线重力装置，这样异形被设计，酸血漂浮着，不会碰到飞船外壳。安迪离线重力系统以后，用手稳住了女主，异形们飘荡着追杀过来。接下来就是女主用脉冲枪疯狂射击，割草异形，新型脉冲枪简直是神器。击杀异形以后，要趁重力系统自动激活之前，绕开了酸血，进入电梯。女主关闭们的时候，被伤疤头抓住脚，发生预告里面那幕女主用脉冲枪隔着网门设计异形爪子，伤疤头受伤逃跑，网格门被腐蚀。女主和安迪继续逃跑，异形追杀过来，被女主射击，异形酸血腐蚀造成了失压，女主摔了下去，结果被伤疤头勾住，放在了梯子上。伤疤头并不是好心，而且想要亲自杀死女主而已。安迪这边拖住电梯送了下去，女主和伤疤头都躲过了。然后伤疤头靠近女主咆哮（预告名场面），旁边还有抱脸虫准备进攻。女主看起来两边都要完蛋的时候，安迪拿到了脉冲枪打死抱脸虫，直接跳了下来射击伤疤头，把它砸了下去，砸到电梯上面疯狂设计，喊出来致敬雷普利名台词：离她远点，婊子。伤疤头倍击杀（这里就是导演访谈里面提及对标a2.雷普利的名场面）。
他俩感觉回到了飞船（之前还有一段是艾许放弃了它们，让凯带着试剂先走，说他俩已经死了，凯给自己注射了一剂黑水，但是没有先走），女主它们进入飞船以后，离线了艾许。把凯放进来休眠舱，艾许愤怒的咆哮，太空站撞击星环毁灭了。女主这时候听到休眠舱警报，凯这边打出血，神体出现黑水重度感染以后黑水花纹，然后生出来一个有点像异形卵（吉格尔原设里面那种）黑色肉茧（泄露图里面那样），女主抱着肉茧，走到了货舱。肉茧可能感受到了威胁，像异形卵分泌了酸血，女主受精扔了下来，肉茧张开，露出了里面是一个婴儿。女主去找冷冻剂当武器的时候，它从肉茧里面离开，迅速成长，女主返回时已经不见了，只能看到充满酸血的空壳和地上巨大的脚印。成长成了巨人的异形混血人，身体巨大畸形，身上带有异形特征，后背有着扭曲畸形的被管，尾巴还在生长，嘴里面有着变异内巢牙。样子就像是neo异形+工程师+逆种的结合体。这段决战整个都是致敬第四部的逆种和a1部分。异形混血人一击打残了安迪，走向了凯，像小孩一样依偎再母亲脖子上，但是凯飞船经常惊慌失措。这点激怒了异形人，它用内巢牙刺进她体内，吸了她的血（黑色的血液）。吸血这点可能也是致敬了逆种的废案。女主过来试图用冷冻机攻击，被异形人永尾巴打坏了冷冻剂容器，大量冷冻机散出来，室温急速降低。女主拼命逃到了货舱，关门。异形人撞击门，把门都装的变形了。女主换上太空服，绑上安全带，走到启动开关哪里，打算等异形人进来，就把它和货舱一起投掷出去。结果没想到异形人偷偷绕了后面，用尾巴把女主打倒了下面。跳了下去，发出来邪恶的笑容。女主看到了地上充满酸血的空壳，心生一计，一脚踢翻，酸血溶穿外壳，造成瞬间失压，女主被冲出飞船，不过通过安全带爬了上前。这时候异形人突然杀了出来，它用尾巴钩住了货舱外壳，身体虽然受伤，但是用内巢牙，拼命攻击女主的太空服头盔，造成了裂痕。这时候女主永安全带勾住开关，启动开头，投掷了货舱，异形人也跟着被被投掷，砸进了星环。女主爬进了飞船里面，把安迪放进了休眠舱，像雷普利一样发送了报告，自己也休眠前往了目标殖民地。